В операционных системах GNU/Linux, xBSD, Solaris, MacOS X и др. работа Рутокен ЭЦП обеспечивается программным обеспечением проектов opensc-project.org и M.U.S.C.L.E..
Программное обеспечение OpenSC вместе с OpenSSL представляет утилиты администрирования и библиотеки прикладного программирования, в том числе реализацию стандарта PKCS#11. OpenCT представляет собой интерфейс низкого уровня (уровня считывателя).
Проект M.U.S.C.L.E. — это открытая реализация программного интерфейса PC/SC (WinSCard) в *nix системах (известна как pcsc-lite). Рутокен ЭЦП работает с ним через ccid-драйвер. Библиотека opensc-pkcs11 входит в состав ПО OpenSC и предоставляет возможность использования криптографических алгоритмов ГОСТ28147-89, ГОСТ3411-94 и ГОСТ3410-2001 в Рутокен ЭЦП, согласно draft-версии стандарта PKCS#11 V 2.30.
Дополнительная информация о Рутокене для Linux может быть получена .